Közkeletű elképzelés, hogy ezeket a járványokat, az európaiak által behurcolt kórokozók okozták. A kanyaró valóban Európából származik, de a két legnagyobb járvány" helyi eredetű". Korabeli leírásokból rekonstruálható, hogy Mexikó lakosainak 70%- ának elpusztításáért egy hantavírus a felelős, mely patkányokról terjedt át az emberekre. Az európaiak megjelenése csak annyiban játszott közre, hogy az ellenük való háború éhínséget okozott az indiánok között