Louis Pasteur francia kémikus, mikrobiológus a veszettség, a lépfene és a baromfivész elleni védőoltások kifejlesztője, a pasztőrözési eljárás kidolgozója 1887. június 4-én alapított intézetet Párizsban a veszettséggel kapcsolatos alapkutatásokra, a betegség megelőzésére és kezelésére, a kutatóközpont felavatására 1888. november 14-én került sor. A névadó haláláig az intézet élén állt, élete utolsó hét évében, 1895-ben bekövetkezett haláláig ott is lakott. (Érdekesség, hogy felnőve az intézet gondnoka az a Joseph Meister lett, akit kilencéves korában Pasteur a világon elsőként oltott be veszettség ellen.)

Az alapkutatás és a gyakorlati orvostan iránt egyaránt elkötelezett Pasteur az intézet megalakításakor különböző szakterületekről választotta ki munkatársait: Émile Duclaux az általános mikrobiológiával, Charles Chamberland a higiéniával kapcsolatos mikrobakutatással, Ilja Mecsnyikov a mikrobamorfológiával, Jacques-Joseph Grancher a veszettséggel és Emile Roux a mikrobakutatás technikáival foglalkozó kutatási részleg vezetője lett. Egy évvel később Roux az intézetben tartotta a világ első mikrobiológiai kurzusát.

Pasteur még megérhette a kutatóműhely első tudományos sikereit: Roux és Alexandre Yersin felfedezte a diftéria kórokozójának hatásmechanizmusát és a diftéria ellenszerrel való kezelését, Yersin 1894-ben kimutatta a bubópestis kórokozóját. A későbbiekben az intézet kutatóinak felfedezései tették lehetővé a védekezést az olyan fertőző betegségek ellen, mint a tetanusz, a tuberkulózis, a gyermekbénulás, az influenza, a sárgaláz és a pestis. Csak a szakemberek tudják, hogy az újszülött korban megkapott tuberkulózis elleni védőoltás, a BCG (Bacille Calmette-Guérin) rövidítése az intézet két kutatójának, a védőoltás kifejlesztőinek nevét őrzi.

Az intézet ma már 10 Nobel-díjas kutatóval büszkélkedhet. Első alkalommal 1907-ben ítélték oda Alphonse Laverannak a malária egyik legveszélyesebb kórokozója, a Plasmodium falciparum azonosításáért, eddig utoljára 2008-ban az intézet két munkatársa, Luc Montagnier és Francoise Barré-Sinoussi osztozott az orvosi Nobel-díjon az AIDS-betegséget okozó HIV-vírus 25 évvel korábbi felfedezéséért. (Az elismerést a francia kutatók és az amerikai Robert Gallo között a HIV-vírus felfedezésének dicsőségéről kibontakozott vita hátráltatta, az amerikaiak 1994-ben ismerték el a francia intézet elsőségét.)

Az intézet fennállása alatt egy nagy szakmai hibát követett el: 1897-ben nem ismerték el Ernest Duchesne katonaorvos értekezését az általa azonosított Penicillium glaucum penészgomba baktériumölő hatásáról, így a penicillin hivatalos felfedezése az angol Sir Alexander Flemingre maradt.

A világháborúk alatt az intézet is "hadba lépett". Az első világháborúban a katonák tífusz elleni védőoltását kellett megoldaniuk, s már 1914 szeptemberére 670 ezer adag védőoltást gyártottak. A második világháború kitörését követő általános mozgósítás szinte kiürítette az intézményt, amelyet a Párizst elfoglaló német csapatok békén hagytak, így az a francia ellenállási mozgalom "nagy gyógyszertáraként" funkcionálhatott. A Párizs környékén állomásozó német csapatoknál - az intézetből ellopott kórokozóval megfertőzött vajtól - kitört tífuszjárvány után azonban megszigorították az ellenőrzést, s az intézet öt munkatársát koncentrációs táborba vitték.

A Pasteur Intézetet független, nonprofit szervezetként, magánalapítványból hozták létre és napjainkban is alapítványi formában, magántulajdonú kutató- és oktatóhelyként működik. Jelentős szerepet tölt be a francia közegészségügyi programokban is, a francia egészségügyi tárca 40 közegészségügyi referenciaközpontjából 20 az intézet keretein belül van.

Jelenleg évente körülbelül 240 millió euróból gazdálkodnak, ennek 27 százaléka állami támogatás, 43 százaléka üzleti tevékenységből, 30 százaléka pedig adományokból származik. A Párizs szívében, öt hektáros területen fekvő központi intézethez a világ 25 országában 32 különböző kutatóhely tartozik, ezek igen szoros tudományos kapcsolatokat ápolnak az anyaintézettel. Az 1900-ban kórházzal kiegészített, folyamatosan fejlesztett és bővített intézetnek jelenleg 13 technológiai platformja, 130 kutatócsoportja és 2400 alkalmazottja van.

Az intézet főépületében eredeti formájában megőrizték és 1936-ban múzeumként látogathatóvá tették Louis Pasteur lakását, az alagsorban a Pasteur házaspár bizánci-keresztény stílusban díszített sírboltja is megtekinthető.